Datos de flora, ORQUIDEAS. Nombre cientÃfico Orchidaceae) son una familia de plantas monocotiledóneas que se distinguen por la complejidad de sus flores.La familia comprende aproximadamente 25 000 especies.
library(sf)
library(raster)
library(dplyr)
library(spData)
library(leaflet)
library(plotly)
library(DT)
library(tidyr)
orq <-
st_read(
"https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/gbif/orchidaceae-cr-registros.csv",
options = c(
"X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
"Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
),
quiet = TRUE
)
asp <-
st_read(
"https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/sinac/asp/asp-wgs84.geojson",
quiet = TRUE
)
st_crs(asp) = 4326
st_crs(orq) = 4326
orq$species[orq$species == ""] <- "En blanco"
orq <- orq %>%
filter(!is.na(coordinateUncertaintyInMeters) & coordinateUncertaintyInMeters <= 1000)%>%
filter(species!="En blanco")
asp <- asp %>%
filter(descripcio!="Area Marina de Manejo" & descripcio!="Area marina protegida")
asp_registros <-
asp %>%
st_make_valid() %>%
st_join(orq) %>%
group_by(nombre_asp) %>%
summarize(especies = n_distinct(species,na.rm = TRUE))
# Paleta de colores
colores_registros <-
colorNumeric(palette = "#9ecae1",
domain = asp_registros$especies,
na.color = "transparent")
# Paleta de colores
colores_especies <-
colorNumeric(palette = "#f03b20",
domain = asp_registros$especies,
na.color = "transparent")
# Mapa Leaflet
leaflet() %>%
addTiles(group = "OSM") %>%
addPolygons(
data = asp_registros,
fillColor = ~ colores_especies(asp_registros$especies),
fillOpacity = 0.7,
stroke = TRUE,
color = "black",
weight = 1,
popup = paste(
paste(
"<strong>Provincia:</strong>",
asp_registros$nombre_asp
),
paste(
"<strong>Cantidad de especies:</strong>",
asp_registros$especies
),
sep = '<br/>'
),
group = "Provincias - especies"
) %>%
addLayersControl(baseGroups = c("OSM"),
overlayGroups = c("Provincias - especies")) %>%
addLegend(
position = "bottomleft",
pal = colores_especies,
values = asp_registros$especies,
group = "Provincias - especies",
title = "Cantidad de orquideas")