Introducción

Datos de flora, ORQUIDEAS. Nombre científico Orchidaceae) son una familia de plantas monocotiledóneas que se distinguen por la complejidad de sus flores.La familia comprende aproximadamente 25 000 especies.

Carga de librerias

library(sf)
library(raster)
library(dplyr)
library(spData)
library(leaflet)
library(plotly)
library(DT)
library(tidyr)

Carga de datos

orq <-
  st_read(
    "https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/gbif/orchidaceae-cr-registros.csv",
    options = c(
      "X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
      "Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
    ),
    quiet = TRUE
  )

asp <-
  st_read(
    "https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/sinac/asp/asp-wgs84.geojson",
    quiet = TRUE
  )

st_crs(asp) = 4326
st_crs(orq) = 4326

Limpieza de datos

orq$species[orq$species == ""] <- "En blanco"

orq <- orq %>%
  filter(!is.na(coordinateUncertaintyInMeters) & coordinateUncertaintyInMeters <= 1000)%>%
  filter(species!="En blanco")

asp <- asp %>%
  filter(descripcio!="Area Marina de Manejo" & descripcio!="Area marina protegida")

Carga de registros asp

asp_registros <-
  asp %>%
  st_make_valid() %>%
  st_join(orq) %>%
  group_by(nombre_asp) %>%
  summarize(especies = n_distinct(species,na.rm = TRUE))

Paleta de colores

# Paleta de colores
colores_registros <-
  colorNumeric(palette = "#9ecae1",
               domain = asp_registros$especies,
               na.color = "transparent")

# Paleta de colores
colores_especies <-
  colorNumeric(palette = "#f03b20",
               domain = asp_registros$especies,
               na.color = "transparent")

Mapa

# Mapa Leaflet

leaflet() %>%
  addTiles(group = "OSM") %>%
  addPolygons(
    data = asp_registros,
    fillColor = ~ colores_especies(asp_registros$especies),
    fillOpacity = 0.7,
    stroke = TRUE,
    color = "black",
    weight = 1,
    popup = paste(
      paste(
        "<strong>Provincia:</strong>",
        asp_registros$nombre_asp
      ),
      paste(
        "<strong>Cantidad de especies:</strong>",
        asp_registros$especies
        
      ),
      sep = '<br/>'
    ),
    group = "Provincias - especies"
  ) %>%
  addLayersControl(baseGroups = c("OSM"),
                   overlayGroups = c("Provincias - especies")) %>%
  addLegend(
    position = "bottomleft",
    pal = colores_especies,
    values = asp_registros$especies,
    group = "Provincias - especies",
    title = "Cantidad de orquideas")